随着国家农业税减免、种粮补贴等一系列惠农政策的出台，耕地的使用价值日益凸现，农村土地承包合同纠纷逐渐增多，主要是发包方（村委会）与村民及其他承包者的纠纷以及土地流转过程中发生的纠纷。
发包方与村民及其他承包者的纠纷主要表现为：1、土地承包合同约定不明确，发包方、承包方各执一词，导致纠纷发生；2、第二轮土地延包时发包方未认真审核土地承包合同，导致纠纷发生；3、村委会发包果园、荒地时程序不合法，大部分村民不同意，要求确认合同无效。
土地流转过程中发生的纠纷主要是土地流转协议约定不明确，双方基于经济利益对流转土地的使用权发生争议。
对于发包方与村民及其他承包者的纠纷，要严格依照《土地法》、《农村土地承包法》、《村民委员会组织法》以及相关政策规定办理，确属违法的，当事人可协商解除，协商不成的，可请求人民法院依法确认该行为无效，有过错的一方应赔偿对方的经济损失，双方都有过错的各自承担相应的责任。
为了规范土地流转、预防和减少纠纷，农业部根据《农村土地承包法》制定了《农村土地承包经营权流转管理办法》，该办法已于2005年3月1日施行。该办法对于土地流转应遵循的原则、流转方式、流转双方的权利和义务、流转合同的基本条款以及流转的管理都做了明确的规定。流转双方当事人应严格依照规定签订流转合同，约定双方的权利和义务，防患于未然，对已发生的纠纷应本着公平合理、诚实信用、等价有偿的原则进行协商或诉诸法律。